A acreditação de ciclos de estudos em funcionamento (ACEF) aplica-se a ciclos de estudos já anteriormente acreditados pela A3ES e que as Instituições de Ensino Superior querem manter em funcionamento. Os ciclos de estudos são acreditados por um período até seis anos. Os ciclos de avaliação e acreditação são alinhados por áreas científicas e definidos pela A3ES.