A A3ES é membro da Associação Europeia para a Garantia de Qualidade no Ensino Superior (ENQA) que tem como objetivo contribuir para a melhoria da qualidade do ensino superior europeu e agir como uma força impulsionadora do desenvolvimento da garantia da qualidade em todos os países assinantes da Declaração de Bolonha.

A A3ES está registada no Registo Europeu de Garantia de Qualidade (EQAR), tendo renovado o seu registo até Abril de 2029.

A cooperação bilateral com agências criadas nos Países Africanos de Língua Oficial Portuguesa (PALOP) e com objetivos convergentes (Cabo Verde e Angola) e a cooperação com as agências dos países da Comunidade dos Países de Língua Portuguesa (CPLP) são dimensões de grande relevo da cooperação internacional da A3ES.

A A3ES é membro do Sistema Iberoamericano de Aseguramiento de la Calidad de la Educación Superior (SIACES), que visa fomentar a garantia de qualidade do ensino superior e reforçar a cooperação entre os respetivos sistemas nacionais de avaliação e acreditação do ensino superior.