A A3ES procede à avaliação das Instituições de Ensino Superior com o objetivo de aferir a qualidade do desempenho das instituições de ensino superior e as suas unidades orgânicas, avaliando a estratégia adotada para garantir a gestão da qualidade das suas atividades, assim como o grau de cumprimento da sua missão. A avaliação institucional realiza-se a cada seis anos, tendo o primeiro ciclo de avaliação institucional sido iniciado em 2016 e o segundo em 2022.